Początek lat 90. XX w. przyniósł oddanie do użytku dobudowanej części kościoła pw. św. Józefa w Osieku. W niedzielę 4 listopada 1990 roku o godzinie 16.00 Jego Eminencja Kardynał Józef Glemp konsekrował osiecką świątynię. Mieszkańcy Osieka złożyli dar w postaci ornatu, który ks. Prymas przeznaczył dla świątyń katolickich na terenie Związku Radzieckiego.

Dnia 4 maja 1991 roku przybył do Osieka ks. bp B. Wojtuś. Dostojny Gość spotkał się m.in. z nauczycielami osieckiej szkoły. Kolejna wizytacja parafialna miała miejsce w dniu 23 września 1997 roku, kiedy to Osiek gościł biskupa Stanisława Gądeckiego.

Dekretem stolicy arcybiskupiej w Gnieźnie z dnia 15 grudnia 1992 roku Wyrzysk stał się stolicą nowego dekanatu. Osiecka parafia weszła w skład nowo ustanowionego dekanatu wraz z parafiami z Białośliwia, Glesna, Kosztowa, Krostkowa, Nieżychowa, Żelazna i Wyrzyska.

W roku 2000 zmarł ks. proboszcz Ryszard Pacanowski. Dekretem Arcybiskupa Gnieźnieńskiego parafię w Osieku nad Notecią objął ks. Andrzej Ostrowski. Nowy proboszcz przystąpił do kapitalnego remontu świątyni. W krótkim czasie przebudowano prezbiterium, postawiono nowy ołtarz ofiarny, założono nowe witraże, oświetlenie i nagłośnienie. Zasługą księży pełniących swe powołanie w Osieku oraz katechetów pracujących w osiekich szkołach jest, że sprawami Kościoła żyje cała społeczność wsi. W kwietniu 2005 roku, po śmierci Ojca Świętego Jana Pawła II, mieszkańcy Osieka gromadzili się codziennie (do czasu pogrzebu) przed Gimnazjum, noszącym imię papieża, gdzie zapalali znicze i składali kwiaty.

Dnia 13 kwietnia 2005 roku do Osieka przybył ordynariusz bydgoski biskup Jan Tyrawa, który udzielił sakramentu bierzmowania uczniom klas III miejscowego gimnazjum.